Детектований на початку листопада у Ботсвані та Південній Африці новий штам вірусу SARS-CoV-2 "Омікрон" викликає занепокоєння по всьому світу завдяки дуже швидкому розповсюдженню та стійкості до існуючих вакцин. Минулого тижня в Україні вже було детектовано перший випадок зараження штамом "Омікрон". В базі даних ВООЗ GISAID внесено результати повногеномного секвенування за допомогою технології Oxford Nanopore Компанією "Діла" зразку пацієнта з Києва, який зареєстрований за класифікацією Pango lineage як BA.1, "Omicron" (BA.1-like), а за класифікацією GISAID як варіант VOC "Omicron" GRA (B.1.1.529+BA*).

Цього тижня зафіксовано ще п’ять випадків зараження штамом Омікрон в нашій країні. "Oмікрон" стоїть за швидким сплеском вірусу у багатьох країнах, йдеться у щотижневому епідеміологічному звіті ВООЗ про COVID-19. Цей штам коронавірусу поширюється дуже швидко. Коефіцієнт поширення штаму "Омікрон" (індекс репродукції R) у Сполученому Королівстві оцінюється між 3 та 5. Він вже випередив раніше домінуючий варіант "Дельта" у кількох країнах, у Великобританії та США включно. У кількох європейських країнах, у т.ч. у Франції, Великобританії, Італії, Греції та Португалії, щодня спостерігається рекордний рівень інфікування. Франція повідомила про майже 180 тисяч випадків за 24 години у вівторок.

На сьогодні ІМБГ НАНУ, на жаль, не має фінансової можливості та зразків для проведення повногеномної детекції штамів вірусу SARS-CoV-2, але ми можемо біоінформатично проаналізувати ситуацію у світі та в Україні згідно відкритих баз даних.

Наші останні результати повногеномного секвенування зразків з різних регіонів України на кінець листопада свідчать, що штам "Дельта" не відступає і продовжує розповсюджуватись Україною, хоча завдяки жорстким протиепідемічним заходам швидкість його розповсюдження знижується, але хвиля ще не скінчилась, а на порозі вже чекає нова, яка вже охопила США, Великобританію та інші країни Європи.

Штам "Омікрон" (B.1.1.529) з’явився нещодавно, але вже встиг набути низку мутацій завдяки активному розповсюдженню та появі трьох нових варіантів BA.1, BA.2, BA.3. І якщо материнський штам "Омікрону" B.1.1.529 виявлено лише у 18 країнах, то дочірній та найактивніший варіант BA.1 – вже як мінімум у 84 країнах світу, і який власне є причиною нової хвилі хвороби. BA.2 виявлено у 7-и країнах, а BA.3 – поки що у 2-х. Якщо два тижні тому "Омікрон" BA.1 становив 14% від виявлених у світі штамів вірусу SARS-CoV-2, то через тиждень кількість BA.1 становила вже 20% від світових показників виявлення штамів.

Слід зазначити, що наразі панують варіанти "Дельта" штаму, які продовжують активно поширюватися у світі. За даними ресурсу cov-lineages.org (кружечки різного кольору – країни, де його виявлено) поширення BA.1 варіанту штаму "Омікрон" виглядає наступним чином:

Відомо, що штам "Омікрон" має багато мутацій, чим відрізняється від попередніх небезпечних штамів, зокрема "Альфа", "Дельта" (https://outbreak.info/)

Але дочірні штами "Омікрону" теж мають відмінності практично в усіх структурних елементах вірусу. В основному це "гарячі точки", тобто багато з них вже спостерігались у інших штамах та варіантах, але мають значення комбінації надбаних мутацій, які разом можуть давати інші властивості, що потребує ретельного аналізу, який буде проведено надалі вченими ІМБГ НАНУ.

Низка країн вже запровадила для населення введення 3-ої або 4-ої "бустерної" дози існуючими вакцинами, які були дуже ефективними проти попередніх штамів. Наскільки це буде ефективним у зупиненні нової хвилі пандемії – покаже тільки час. Поки що жорсткі протиепідемічні заходи у вигляді локдаунів для усіх верст населення дають найбільшу ефективність для припинення розповсюдження коронавірусної хвороби, викликаної будь-яким штамом та варіантом вірусу SARS-CoV-2. Але ці заходи критично впливають на економіку усіх країн, тому постійно тримати громадян у режимі локдауну загрожує економічними втратами та зупиненням прогресу у багатьох сферах діяльності. Тому дуже важливим моментом для розробки ефективних заходів протидії вірусним хворобам є своєчасна розробка та виробництво ефективних вакцин, специфічних проти тих збудників хвороб, що циркулюють на даний момент, або на які країна чекає за прогнозами у найближчий час.

Виходячи з таких засад, науковці ІМБГ НАНУ пропонують створити універсальну касетну платформу, в яку можна клонувати та швидко змінювати будь-які штами та варіанти будь-яких вірусів та патогенів для отримання різних типів вакцин: ДНК, РНК та білкових. Ми над цим працюємо, але поки що не маємо фінансування з цього напрямку, який стане у найближчий час дуже актуальним, оскільки жодна іноземна фармацевтична компанія не здатна настільки швидко реагувати із-за власних фінансових інтересів та бажання заробити на існуючих розробках якнайбільше та якнайдовше. Але існують національні інтереси, які українські вчені готові відстоювати та працювати над цим з найбільшою ефективністю та якнайшвидше. Важливо, щоб фахівці, які знаходяться при владі мали це розуміння захисту національних інтересів також. Те, що пандемія – також війна, яка невідомо коли завершиться і неясно звідки і який прийде "ворог".

Добре, що це розуміє Президент України, але таке розуміння потрібно реалізовувати у конкретні справи та національні наукові програми.