Відділ структурної і функціональної протеоміки

Завідувач відділу

Негруцький Борис Сергійович

доктор біологічних наук, професор
Тел: (380-44) 200-03-37;
факс: (380-44) 526-07-59;
E-mail: negrutskii@imbg.org.ua

Освіта, наукові ступені та звання:

1974–1979 студент, Донецький державний університет, Донецьк, Україна

1979–1983 аспірант, відділ механізмів трансляції генетичної інформації, Інститут молекулярної біології і генетики НАН України (ІМБГ НАНУ), Київ, Україна

1987 Кандидат біологічних наук (молекулярна біологія)

1999 Доктор біологічних наук (молекулярна біологія)

2007 Професор

Посади:

1983–2000 інженер, молодший науковий співробітник, науковий співробітник, старший науковий співробітник, провідний науковий співробітник ІМБГ НАНУ

2004-2019 завідувач, лабораторія біосинтезу білка, відділ механізмів трансляції генетичної інформації, ІМБГ НАНУ

з 2019 завдувач, відділ структурної і функціональної протеоміки, ІМБГ НАНУ

Нагороди:

2018 Почесна грамота НАН України з нагоди 100-річчя НАН України

Науковий напрямок:

Ми досліджуємо

  • механізми динамічної компартменталізації білок-синтезуючого апарата ссавців
  • особливості структури і функціонування макромолекулярного комплексу факторів елонгації 1 (eEF1), зокрема ті, що пов’язані із пухлиноутворенням
  • просторову структуру, експресію, пост- трансляційні модифікації і функції нормальної і протоонкогенної ізоформ фактора елонгації трансляції 1A (eEF1A)

Наукові дослідження та основні досягнення:

  • Розроблено концепцію векторіального транспорту тРНК під час процесу елонгації трансляції. Встановлені механізми каналювання тРНК в клітинах ссавців.
  • Показано різницю просторової організації подібних на 97% A1 і протоонкогенної A2 ізоформ eEF1А, яка супроводжується різним ступенем агрегації цих білків та впливає на їх здатність до ізоформоспецифічної взаємодії із білками-партнерами, що може бути важливим для прояву онкогенності ізоформи А2.
  • Методом рентгеноструктурного аналізу розшифровано просторову структуру онкогенної ізоформи А2 фактора елонгації трансляції eEF1A (у співробітництві із відділом ензимології білкового синтезу).
  • Показано, що надекспресія ізоформи А2 в пухлинах людини може забезпечуватися, в тому числі, за рахунок спеціальних мікроРНК, роль яких була теоретично передбачена та експериментально доведена.
  • Виявлено, що компоненти мультбілкового комплексу факторів елонгації eEF1 можуть функціонувати окремо від комплексу в ракових клітинах і тканинах людини, що свідчить про можливість виконання окремими субодиницями комплексу певної нетрансляційної ролі, у тому числі під час пухлиногенезу.

Українські проекти:

Протягом останніх десятиріч нам були надані декілька грантів НАН України, ДФФД та МОН України. Крім того відділ працював в рамках Державної ключової лабораторії молекулярної і клітинної біології.

Міжнародні гранти:

  • 2018-2020 НАН України – ПАН (Польська академія наук). Проект: "Просторова організація трансляційного комплексу eEFIB та його компонентів" (керівник проекту: Негруцький Б. С.; організація-партнер: Інститут Біохімії і Біофізики ПАН, Варшава, Польща)
  • 2018-2019 МОН України та Міністерство науки і вищої освіти Польщі. Проект: "Воднево-дейтерієвий обмін із наступною мас-спектрометрією як якісно новий підхід для розкриття просторової структури трансляційного комплексу eEF1B в розчині" (керівник проекту: Негруцький Б. С.; організація-партнер: Інститут біохімії і біофізики ПАН, Варшава, Польща)
  • 2012–2014 грант PICS (Projet International de Coopération Scientifique) ”Translation apparatus in cytosol: role in mitochondrial translation and antioxidant homeostasis”
  • 2012–2013 грант 5507 STCU (Science and Technology Center in Ukraine) “The A2 isoform of translation elongation factor 1 as a potential oncomarker” supported
  • 2011–2014 Сьома рамкова Програма (РП7) FP7- INCO-2011-6, ERA-WIDE. Грант: “Зміцнення співпраці між ЄС та Україною в галузі молекулярної біомедицини”, COMBIOM (науковий керівник – Єльська Г.В.)
  • 2010–2011 грант UKR10/A10 “Structural and biological studies of the eukaryotic elongation factors (eEF) 1B”, підтримується BMBF (Bundesministerium für Bildung und Forschung), Німеччина
  • 2009–2012 Програма GDRI. Грант “Earlier steps in the development of oncological, autoimmune and neurodegenerative diseases”
  • 2009–2011 Програма співробітництва ПАН та НАН України. Грант “Investigation of post-translational modifications of the components of human translation machinery during carcinogenesis”
  • 2009–2011 PICS (Projet International de Coopération Scientifique). Грант “Structural and Functional organization of the translation apparatus in the cytoplasm of human cells”
  • 2008–2009 Програма співробітництва РАН та НАН України. Грант “Structural and functional study of the two tissue-specific forms of eukaryotic elongation factor eEF1A”
  • 2006–2008 Wellcome Trust. Грант N 074742/Z04/Z “Two-faced Janus: mammalian translation elongation factor 1A and its isoforms”
  • 2006–2008 INTAS. Грант 05-7750 “Multisubunit translation elongation factor 1 in health and carcinogenesis”
  • 2005–2007 Програма співробітництва Чехії та України. Грант “Thermodynamical analysis of the structure of the elongation factors domains in prokaryotes and eukaryotes”

Співробітництво:

українські організації:

  • Інститут експериментальної патології, онкології і радіобіології ім. Р. Є. Кавецького НАН України (Київ)

зарубіжні організації:

  • Лабораторія ензимології та структурної біохімії, CNRS (Gif-sur-Yvette, Франція)
  • Лабораторія епігенетики раку, CNRS (Gif-sur-Yvette, Франція)
  • Університет Ліверпуля (Ліверпуль, Великобританія)
  • Інститут білка, РАН (Пущіно, Росія)

Вибрані публікації:

  1. Kapustian, L.M., Lysetsky, I.L., Bondarchuk, T.V., Novosylna, O.V., Negrutskii, B.S. Analysis of eEF1Bγ interactome in the nuclear fraction of A549 human lung adenocarcinoma cells. Biopolymers and Cell 35(4), pp. 268-287, 2019
  2. Bondarchuk TV, Lozhko DM, Shalak VF, Fatalska A, Szczepanowski RH, Dadlez M, Negrutskii BS, El'skaya AV. The protein-binding N-terminal domain of human translation elongation factor 1Bβ possesses a dynamic α-helical structural organization. International Journal of Biological Macromolecules. 126, pp. 899-907, 2019
  3. Negrutskii B, Vlasenko D, Mirande M, Futernyk P, El'skaya A. mRNA-Independent way to regulate translation elongation rate in eukaryotic cells. IUBMB Life. 2018;70(3):192-196
  4. L. M. Kapustian, M. Dadlez, B. S. Negrutskii. Protein partners of the eEF1Bβ subunit of the translation elongation complex eEF1B in the nuclear fraction of human lung carcinoma cells. Biopolym. Cell. 2017;33(4):243-255
  5. Negrutskii B., Vlasenko D., Mirande M., Futernyk P., El'skaya A. mRNA-Independent way to regulate translation elongation rate in eukaryotic cells. International Union of Biochemistry and Molecular Biology Life. 2018 Mar;70(3):192-196
  6. Novosylna O, Doyle A, Vlasenko D, Murphy M, Negrutskii B, El'skaya A. Comparison of the ability of mammalian eEF1A1 and its oncogenic variant eEF1A2 to interact with actin and calmodulin. Biol. Chem. 2017;398(1):113-124
  7. Trosiuk TV, Shalak VF, Szczepanowski RH, Negrutskii BS, El'skaya AV. A non-catalytic N-terminal domain negatively influences the nucleotide exchange activity of translation elongation factor 1Bα. FEBS J. 2016 Feb; 283(3):484-97.
  8. Novosylna O, Jurewicz E, Pydiura N, Goral A, Filipek A, Negrutskii B, El'skaya A. Translation elongation factor eEF1A1 is a novel partner of a multifunctional protein Sgt1. Biochimie. 2015, Dec;119:137-45.
  9. Vlasenko DO, Novosylna OV, Negrutskii BS, El'skaya AV. Truncation of the A,A(∗),A' helices segment impairs the actin bundling activity of mammalian eEF1A1.FEBS Lett. 2015;589(11):1187-1193.
  10. Veremieva M, Kapustian L, Khoruzhenko A, Zakharychev V, Negrutskii B, El'skaya A. Independent overexpression of the subunits of translation elongation factor complex eEF1H in human lung cancer. BMC Cancer. 2014 Dec 3;14:913.
  11. Shalak V, Vislovukh A, Novosylna O, Khoruzhenko A...Negrutskii B. Characterization of novel peptide-specific antibodies against the translation elongation factor eEF1A2 and their use in eEF1A2 localization in cancer tissues. Biopolymers and Cell.2014;30(6):454-461.
  12. Trosiuk TV, Liudkovska VV, Shalak VF, Negrutskii1 BS, El’skaya AV. Structural dissection of human translation elongation factor 1Bγ (eEF1Bγ): expression of full-length protein and its truncated forms. Biopolymers and Cell. 2014;30(2):96-106.
  13. Thibaut Crepin, Shalak VF, Yaremchuk AD, ...El'skaya AV. Mammalian translation elongation factor eEF1A2: X-ray structure and new features of GDP/GTP exchange mechanism in higher eukaryotes. Nucleic Acids Research. 2014;42(20):12939-48.
  14. Vislovukh A, Thaiz Rivera Vargas, Polesskaya A, Groisman I. Role of 3’-untranslated region translational control in cancer development, diagnostics and treatment. World Journal of Biological Chemistry. 2014;5:40–57. doi:10.4331/wjbc.v5.i1.40
  15. El'skaya AV, Negrutskii BS, Shalak VF, et al. Specific features of protein biosynthesis in higher eukaryotes Biopolym. Cell. 2013; 29(3):177-187 doi: 10.7124/bc.000818
  16. Vislovukh A, Kratassiouk G, Porto E, Gralievska N, Beldiman C, Pinna G, El'skaya A, HarelBellan A, Negrutskii B, Groisman I. Protooncogenic isoform A2 of eukaryotic translation elongation factor eEF1 is a target of miR663 and miR744. Br J Cancer. 2013 Jun 11;108(11):2304–11. doi: 10.1038/bjc.2013.243
  17. Negrutskii B, Vlasenko D, El'skaya A. From global phosphoproteo mics to individual proteins: the case of translation elongation factor eEF1A. Expert Rev. Proteomics. 2012; 9(1):71–83. doi: 10.1586/epr.11.71
  18. Yaremchuk A, Shalak VF, Novosylna OV, et al. Purification, crystallization and preliminary Xray crystallographic analysis of mammalian translation n elongation factor eEF1A2. Acta Cryst. 2012; F68:295–7. doi: 10.1107/S1744309112000243
  19. Havrylenko S, Legouis R, Negrutskii B, Mirande M. Caenorhabditis elegans evolves a new architecture for the multiaminoacyl tRNA synthetase complex. J. Biol. Chem. 2011; 286:28476–87. doi: 10.1074/jbc.M111.254037
  20. Veremieva M, Khoruzhenko A, Zaicev S, Negrutskii B, El'skaya A. Unbalanced expression of the translation complex eEF1 subunits in human cardioesophageal carcinoma. Eur. J. Clin. Invest. 2011; 41:269–76. doi: 10.1111/j.1365-2362.2010.02404.x
  21. Kaminska M, Havrylenko S, Decottignies P, Le Marachal P, Negrutskii B, Mirande M. Dynamic organization of aminoacyl trna synthetase complexes in the cytoplasm of human cells. J. Biol. Chem. 2009; 284: 13746–54. doi: 10.1074/jbc.M900480200
  22. Kaminska M, Havrylenko S, Decottignies P, et al. Dissection of the structural organization of the aminoacyltRNA synthetase complex. J. Biol. Chem. 2009. 284:6053–60. doi: 10.1074/jbc.M809636200
  23. Budkevich TV, El'skaya AV, Nierhaus KH. Features of 80S mammalian ribosome and its subunits. Nucleic Acids Res. 2009. 36:4736–44. doi: 10.1093/nar/gkn424
  24. Negrutskii BS, El'skaya AV. Eukaryotic translation elongation factor 1 alpha: structure, expression, functions, and possible role in aminoacyltRNA channeling. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 1998; 60:47–78. doi: 10.1016/S0079-6603(08)60889-2