Відділ сигнальних систем клітини

Завідувач відділу

Філоненко Валерій Вікторович

доктор біологічних наук, професор
Тел: (380-44) 526-20-16, 522-61-00;
факс: (380-44) 526-07-59;
E-mail: filonenko@imbg.org.ua

Освіта та наукові ступені:

1980-1985 біологічний факультет, Київський Національний університет імені Тараса Шевченка, спеціальність "генетика"

1986-1989 післядипломне стажування (Інститут молекулярної біології ім. В. А. Энгельгардта РАН, Москва)

1991 дисертація на звання кандидата біологічних наук "Імунохімічний аналіз високо-молекулярного комплексу аміноацил-тРНК синтетази"

2005 дисертація на звання доктора біологічних наук "Структурно-функціональний аналіз кіназ (S6K1 та S6K2) рибосомального білка S6"

2006 професор (молекулярна біологія)

Посади:

1985–1991 молодший науковий співробітник, Інститут молекулярної біології і генетики АН УССР, Київ, Україна

1992–1995 науковий співробітник, відділ біохімії, Центр здоров’я Університету Коннектикуту, Фармінгтон, США

1995–1997 науковий співробітник, відділ біохімії та молекулярної біології, Університет Майамі, Майямі, США

1997–2003 старший науковий співробітник, лабораторія механізмів регуляції клітинного росту, відділ структури і функції нуклеїнових кислот, Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ, Україна

з 2003 завідувач, відділ сигнальних систем клітини, Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ, Україна

Членство:

з 1998 Член ФЄБТ (Федерація Європейських біохімічних товариств) та Українського біохімічного товариства

з 2004 Член Українського товариства клітинної біології

з 2007 Член редколегії журналу "Biopolymers and Cell" (Україна)

з 2011 Член редколегії журналу "Biotechnologia Acta" (Україна)

Науковий напрямок:

Вивчення особливостей функціонування PІ3К/S6К-залежного сигнального шляху в клітинах ссавців в нормі та в разі патологій (злоякісна трансформація клітин)

Ідентифікація та характеристика пухлино-асоційованих антигенів людини з використанням SEREX (SErological identification of antigens by Recombinant EXpression cloning) аналізу

Сучасні наукові дослідження:

  • Аналіз особливостей функціонування двох ізоформ кінази S6 рибосомного білка (S6К1 та S6К2) як у нормальних тканинах так і в злоякісних пухлинах (аденокарцинома молочної залози людини) – аналіз рівня експресії та особливостей субклітинної локалізації.
  • Ідентифікація нових білків-партнерів компонентів PІ3К/S6К-залежного сигнального шляху (S6К, PTEN, TSC1/TSC2) методом двогібридної системи дріжджів та аналіз встановлених міжмолекулярних взаємодій.
  • Клонування гену КоА синтази. Аналіз особливостей взаємодії КоА синтази та S6К1.
  • Дослідження мутантної форми FGFR3 рецептору.
  • Створення моноклональних антитіл до компонентів PІ3К/S6К-залежного сигнального шляху (S6K1/2, mTOR, Rictor, Raptor) та мутантної форми рецептораFGFR3).

Українські проекти:

Проекти Національної академії наук України:

  • 2015-2019 Цільова комплексна міждисциплінарна програма наукових досліджень НАН України "Молекулярні та клітинні біотехнології для потреб медицини, промисловості та сільського господарства". Проект: "Створення та характеристика клітинної моделі на основі співкультивування пухлинних та стромальних клітин для оцінки ефективності впливу протипухлинних засобів". Реєстраційний номер: 0115U001403
  • 2012-2016 Цільова програма наукових досліджень Відділення біохімії, фізіології і молекулярної біології НАН України "Функціональна геноміка і метаболоміка в системній біології". Проект №31 : Співвідношення генотип-фенотип в злоякісних пухлинах. Реєстраційний номер: 0112U002107
  • 2010-2014 Цільова комплексна програма фундаментальних досліджень НАН України "Фундаментальні основи молекулярних та клітинних біотехнологій". Проект №31/10: "Створення та характеристика моноклональних антитіл проти онкогенних, мутантних форм рецептора фактору росту фібробластів (FGFR3) для діагностичних цілей та імунотерапії злоякісних новоутворень". Реєстраційний номер: 0110U006121
  • 2006-2008 НАН України – Сибірське Відділення РАН. Проект: "Іноваційні технології в лікуванні раку". Інститут хімічної біології та фундаментальної біології, Інститут цитології та генетики, Новосибірський інститут органічної хімії – СВ РАН.

Проекти Державного фонду фундаментальних досліджень (ДФФД):

  • 2011-2012 № Ф40.4/061 "Протеомний аналіз аутоантигенного репертуару пухлин зі сприятливим прогнозом та асоційованих з вираженою лімфоцитарною інфільтрацією". Московський Державний Університет
  • 2011-2012 № Ф46/457-2011 "Макромолекули та їх комплекси в реалізації генетичної інформації". Державна ключова лабораторія молекулярної і клітинної біології.

Міжнародні гранти:

  • 2011–2014 7th Framework Programme (FP7) FP7- INCO-2011-6, ERA-WIDE Project: “Strengthening cooperation in Molecular Biomedicine between EU and UKRAINE”, COMBIOM (scientific supervisor – Prof. A. Elskaya)
  • 2006–2008 INTAS (The International Association for the Promotion of Co-operation with Scientists from the New Independent States of the Former Soviet Union) Project: “Studies of mTor/S6K signaling pathway by proteome analysis and DNA microarrays”. Partners – University College London (UK), Ludwig Institute for Cancer Research (USA), Biomedical Sciences Research Center “Alexander Fleming” (Greece)
  • 2006–2007 INTAS Project: “PTEN – FAB4 interaction as a link to the regulation of lipid metabolism and adipogenesis”
  • 2005–2008 Bilateral cooperation program between Ludwig Institute for Cancer Research- IMBG NASU
  • 2004–2007 INTAS Project: “Identification and characterization human of tumour-associated antigens Partners – University College London (UK), Ludwig Institute for Cancer Research (USA)”
  • 1999–2001 INTAS N 97-30890 Project: “Identification and characterization of tumor-associated antigens in thyroid cancer”
  • NATO (North Atlantic Treaty Organization) N NUKR/982645 Project: “Generation of new biodetection tools for cancer research and diagnostics”
  • 1998–2001 WELLCOME TRUST N 055427/Z/98 Project: “Identification and functional analysis of novel PI3-kinase binding partners”.

Співробітництво:

українськими організації:

  • Національний інститут раку (Київ)
  • Інститут експериментальної патології, онкології і радіобіології ім. Р. Є. Кавецького НАН України (Київ)
  • Інститут біохімії ім. О. В. Палладіна НАН України (Київ)
  • Інститут біології клітини НАН України (Львів)
  • Національний університет Львівська політехніка (Львів)
  • Державна установа «Інститут очних хвороб і тканинної терапії ім. В. П. Філатова НАМН України» (Одеса)
  • Інститут нейрохірургії ім. академіка А. П. Ромоданова АМН України (Київ)
  • Інститут фізіології ім. О. О. Богомольця НАН України (Київ)
  • Інститут хімії поверхні ім. А. А. Чуйко НАН України (Київ)
  • Львівський національний університет імені Івана Франка (Львів)
  • Національний лісотехнічний університет України (Львів)
  • Київське бюро судмедекспертизи (Київ)
  • ННЦ «Інститут біології», Київський національний університет імені Тараса Шевченка (Київ)
  • Патоморфологічна лабораторія «Біонтек» (Дніпропетровськ)

зарубіжні організації:

  • Московський державний університет імені М. В. Ломоносова (Москва, Росія)
  • Новосибірський інститут органічної хімії ім. Н. Н. Ворожцова СВ РАН (Новосибірськ, РФ)
  • Людвіговській інститут дослідження раку (Нью-Йорк, США)
  • Університетський коледж Лондона (Лондон, Великобританія)
  • Шпиталь Гейдельбергського Університету (Гейдельберг, Німеччина)
  • Центр біомедичних наукових досліджень "Олександра Флемінга" (Варі, Греція)

Вибрані публікації:

  1. Tsuchiya Y, Zhyvoloup A, Baković J, Thomas N, Yu BYK, Das S, Orengo C, Newell C, Ward J, Saladino G, Comitani F, Gervasio FL, Malanchuk OM, Khoruzhenko AI, Filonenko V, Peak-Chew SY, Skehel M, Gout I. Protein CoAlation and antioxidant function of Coenzyme A in prokaryotic cells. Biochem J. 2018 Jun 6;475(11):1909-1937
  2. I.V. Zaiets, A.S. Sivchenko, A.I. Khoruzhenko, L.O. Savinska, V.V. Filonenko. The p60-S6K1 isoform of ribosomal protein S6 kinase 1 is a product of alternative mRNA translation. Ukr. Biochem. J. 2018; 90(4): 25-35
  3. Kosach V., Shkarina K., Kravchenko A., Tereshchenko Y., Kovalchuk E., Skoroda L., Krotevych M., Khoruzhenko A. Nucleocytoplasmic distribution of S6K1 depends on the density and motility of MCF-7 cells in vitro. F1000Research 2018, 7:1332
  4. Руденко А.В., Пасєчніков С.П., Ромащенко О.В., Самчук П.О., Яковенко Л. Ф. Аналіз показників імунітету у жінок репродуктивного віку із гострим неускладненим пієлонефритом у поєднанні із запальними захворюваннями органів малого таза залежно від періоду менструального циклу. Здоровье женщины. – 2018. – 2(128). – С. 31–38; DOI 10.15574/HW.2018.128.31
  5. Tsuchiya Y, Peak-Chew SY, Newell C, Miller-Aidoo S, Mangal S, Zhyvoloup A, Bakovic J, Malanchuk O... Filonenko V, Gout I and all. Protein CoAlation: A Redox-Regulated Protein Modification by Coenzyme A in Mammalian Cells. Biochem J. 2017 Jul 11; 474(14): 2489-2508
  6. Kostianets O, Shyyan M, Antoniuk SV, Filonenko V, Kiyamova R. Biomarkers. Panel of SEREX-defined antigens for breast cancer autoantibodies profile detection. 2017 Mar;22(2):149-156
  7. Zaiets I.V., Sivchenko A.S., Khoruzhenko A. I., Filonenko V. V. Generation of HEK-293 stable cell lines with disrupted expression of ribosomal protein S6 kinase (S6K1) isoforms using the CRISPR/Cas9 genome editing system. Biopolym. Cell. 2017; 33(5):356-366
  8. Kosach V. R., Tykhonkova I. O., Cherednyk O. V., Filonenko V. V., Khoruzhenko A. I. Phospho-mTOR (Ser2481) colocalizes with condensed chromosomes during metaphase. Biopolym. Cell. 2016; 32(2):105-110.
  9. L.Dyachenko, K. Havrysh, A.Lytovchenko, I.Dosenko, S. Antoniuk,V. Filonenko, and R.Kiyamova. Autoantibody Response to ZRF1 and KRR1 SEREX Antigens in Patients with Breast Tumors of Different Histological Types and Grades. Disease Markers, Volume 2016 (2016), Article ID 5128720.
  10. V.Skripova., I.Serebriiskii., Z.Abramova1., I.Astsaturov., R.Kiyamova. CRISPR/Cas9 Technique for Identification of Genes Regulating Oxaliplatin Resistance of Pancreatic Cancer Cell Line. BioNanoSci. DOI 10.1007/s12668-016-0272-3.
  11. Kostianets O., Shyyan M., Antoniuk S., Filonenko V. Kiyamova R. Panel of SEREX-defined antigens for breast cancer autoantibodies profile detection. Biomarkers 2016 Oct 24:1-25.
  12. Skivka LM, Fedorchuk OG, Susak YM, Susak MYa, Malanchuk OM, Rudyk MP, Nowicky YW. Physical Activity Interferes with the Immunomodulatory Effect of the Antineoplastic Drug NSC631570. Curr Pharm Biotechnol. 2015;16(1):49–59.
  13. Malanchuk OM, Panasyuk GG, Serbin NM, Gout IT, Filonenko VV. Generation and characterization of monoclonal antibodies specific to Coenzyme A. Biopolymers and Cell. 2015;31(3):187–192.
  14. Malanchuk OM. Development of monoclonal antibody against mTORC2 complex component protein Rictor. Biopolymers and Cell. 2015; 33( 5):345–350.
  15. Savinska LO, Klipa OM, Khoruzhenko AI, Shkarina KA, Garifulin OM, Filonenko VV. Generation and characterization of polyclonal antibodies specific to N-terminal extension of p85 isoform of ribosomal protein S6 kinase 1 (p85 S6K1). Biopolym. and cell. 2015;31(4):294–300.
  16. Garifulin OM, Kykot VO, Gridina NY, Kiyamova RG, Gout IT, Filonenko VV. Application of serex-analysis for identification of human colon cancer antigens. Exp Oncol. 2015 Sep;37(3):173–80.
  17. Kosach VR, Cherednyk OV, Khoruzhenko AI. Characteristic of mTOR signaling and its involvement in the regulation of cell movements through remodeling the cytoskeleton architecture. Biopolym. and cell. 2015; 31(1):5–14.
  18. Gotsulyak NYa, Kosach VR, Cherednyk OV, et al. Optimization of cell motility evaluation in scratch assay. Biopolym. Cell. 2014; 30(3):223-228.
  19. Skivka LM, Fedorchuk OG, Bezdeneznykh NO, et al. The effect of antineoplastic drug NSC631570 on immunogenicity of B16 melanoma. J Exp Integr Med. 2014;4(2):93-105.
  20. Shkarina KA, Cherednyk OV, Voloschenko II, et al. Exosomes: messengers and mediators of tumor-stromal interactions. Biopolym. Cell. 2014;30(6).
  21. Толстов АЛ, Матюшов ВФ, Маланчук ОН. Структура и бактерицидные свойства полимерных композитов на основе меламиноформальдегидного полимера и наночастиц серебра, полученных in situ. Теорет. и эксперим. химия. 2014;50(3):179–184.
  22. Filonenko VV. PI3K/mTOR/S6K signaling pathway – new players and new functional links. Biopolym. Cell. 2013; 29(3): 207–214. doi: 10.7124/bc.00081A
  23. Gudkova D, Panasyuk G, Nemazanyy I, et al. EDC4 interacts with and regulates the dephosphoCoA kinase activity of CoA synthase. FEBS Lett. 2012; 586(20):3590–5. doi: 10.1016/j.febslet.2012.08.033
  24. Savinska L, Skorokhod O, Klipa O, et al. Development of monoclonal antibodies specific to ribosomal protein S6 kinase 2. Hybridoma (Larchmt). 2012; 31(4):289–94. doi: 10.1089/hyb.2012.0032
  25. Kostianets O, Antoniuk S, Filonenko V, Kiyamova R. Immunohistochemical analysis of medullary breast carcinoma autoantigens in different histological types of breast carcinomas. Diagn Pathol. 2012 Nov 26;7:161. doi: 10.1186/1746-1596-7-161
  26. Kostianets O, Shyian M, Demidov S, et al. Serological analysis of SEREX-defined medullary breast carcinoma-associated antigens. Cancer Invest. 2012; 30(7):519–27.doi: 10.3109/07357907.2012.697231
  27. Gryshkova V, Lituiev D, Savinska L, et al Generation of monoclonal antibodies against tumor-associated antigen MX35/sodium-dependent phosphate transporter NaPi2b. Hybridoma (Larchmt). 2011;30(1):37-42. doi: 10.1089/hyb.2010.0064
  28. Goh ET, Pardo OE, Michael N, et al. Involvement of heterogeneous ribonucleoprotein F in the regulation of cell proliferation via the mammalian target of rapamycin/S6 kinase 2 pathway. J Biol Chem. 2010; 285(22):17065-76. doi: 10.1074/jbc.M109.078782
  29. Gorbenko O, Panayotou G, Zhyvoloup A, Volkova D, Gout I, Filonenko V. Identification of novel PTEN-binding partners: PTEN interaction with fatty acid binding protein FABP4. Mol Cell Biochem. 2010; 337(1-2):299-305. doi: 10.1007/s11010-009-0312-1
  30. Breus O, Panasyuk G, Gout I, Filonenko V, Nemazanyy I. CoA Synthase is phosphorylated on tyrosines in mammalian cells, interacts with and is dephosphorylated by Shp2PTP. Mol Cell Biochem. 2010; 335(1-2):195–202. doi: 10.1007/s11010-009-0255-6
  31. Gnjatic S, Cao Y, Reichelt U, Gout I, Filonenko V et.al. NY-CO-58/KIF2C is overexpressed in a variety of solid tumors and induces frequent T cell responses in patients with colorectal cancer. Int J Cancer. Int J Cancer. 2010; 127(2):381–393. doi: 10.1002/ijc.25058
  32. Kiyamova R, Kostianets O, Malyuchik S, et.al. Identification of tumor-associated antigens from medullary breast carcinoma by a modified SEREX approach. Mol Biotechnol. 2010; 46(2):105–12. doi: 10.1007/s12033-010-9285-2
  33. Breus O, Panasyuk G, Gout I, Nemazanyy I. CoA synthase is in complex with p85alphaPI3K and affects PI3K signaling pathway. Biochem Biophys Res Commun. 2009; 385(4): 581–5. doi: 10.1016/j.bbrc.2009.05.102
  34. Zhyvoloup A, Nemazanyy I, Panasyuk G, et al. Subcellular localization and regulation of coenzyme A synthase J. Biol. Chem. 2003; 278(50):50316–21. doi:10.1074/jbc.M307763200