Відділ білкової інженерії та біоінформатики

Завідувач відділу

Корнелюк Олександр Іванович

член-кореспондент НАН України,
доктор біологічних наук, професор
Тел: (380-44) 526-55-89;
факс: (380-44) 526-07-59;
E-mail: kornelyuk@imbg.org.ua

Освіта та наукові ступені:

1967–1972 Харківський національний університет ім.В.Н.Каразіна, Харків, Україна (біофізика)

1981 Кандидат біологічних наук (молекулярна біологія) Інститут молекулярної біології та генетики НАН України (ІМБГ НАН України), Київ, Україна

1995 Доктор біологічних наук (молекулярна біологія)

1999 Професор (молекулярна біологія)

2006 Член-кореспондент НАН України

Посади:

1972–1975 інженер, молодший науковий співробітник, Фізико-технічний інститут низьких температур ім. Б.І. Вєркіна, НАНУ, Харків, Україна

1975–1978 аспірант, ІМБГ НАН України, Київ, Україна

1978–1987 молодший науковий співробітник, науковий співробітник, старший науковий співробітник, Відділ структури і функції нуклеїнових кислот, ІМБГ НАН України, Київ, Україна

1982–2004 професор, Кафедра молекулярної біології, Біологічний факультет, Київський державний університет імені Тараса Шевченка, Київ, Україна

1987–2000 заступник завідувача відділу, керівник групи, Відділ структури і функції нуклеїнових кислот, ІМБГ НАН України, Київ, Україна

З 2001 завідувач відділу білкової інженерії (нині - відділ білкової інженерії та біоінформатики) ІМБГ НАН України, Київ, Україна

З 2008 професор, завідувач кафедри молекулярної біології, біофізики та біотехнології, Інститут високих технологій, Київський державний університет імені Тараса Шевченка, Київ, Україна

Членство:

Українське біохімічне товариство

Українське біофізичне товариство

Вчена рада ІМБГ НАН України

З 1996 дійсний член Нью-Йоркської академії наук

Нагороди:

2003 Подяка київського міського голови

2006 Грамота Міністерства освіти і науки України

2008 Державна Премія України у галузі науки і техніки

2010 Грамота Верховної Ради України

2012 Диплом кращого викладача високих технологій, Київський державний університет імені Тараса Шевченка, Київ, Україна

2013 Премія НАН України ім. В.П.Комісаренка

2018 Пам’ятна відзнака на честь 100-річчя Національної академії наук України.

Науковий напрямок:

Білкова інженерія;

Структурна біоінформатика

Сучасні наукові дослідження:

  • Вивчаються молекулярні механізми дії аміноацил-тРНК синтетаз (APC) вищих еукаріотів та ролі функціональної динаміки в процесах білково-нуклеїнового впізнавання.
  • Використовуються методи білкової інженерії, спрямовані на конструювання нових білків із зміненими та унікальними властивостями.
  • Налагоджено генно-інженерні технології клонування та експресії еукаріотичних білків і їхніх мутантів.
  • Розробляється структурно-динамічна модель впізнавання РНК APCзами;
  • Проводяться експериментальні дослідження внутрішньо-молекулярної динаміки білків методами флюоресцентної спектроскопії та вивчаються специфічні конформаційні зміни ферментів у процесі впізнавання субстратів.

Вибрані публікації:

  1. Kolomiiets, L.A., Vorobyova, N.V., Lozhko, D.M., ...Zayets, V.M., Kornelyuk, A.I. Stabilization of AIMP1/p43 and EMAP II recombinant proteins in the complexes with polysaccharide dextran-70. Pharmacological Reports, 2020, 72(1), pp.238-245
  2. Fefelova, I., Fefelov, A., Voronenko, M., ...Ryzhkov, E., Lytvynenko, V. Predicting the Protein Tertiary Structure by Hybrid Clonal Selection Algorithms on 3D Square Lattice. Proceedings - 15th International Conference on Advanced Trends in Radioelectronics, Telecommunications and Computer Engineering, TCSET 2020, 2020, pp.965-968, 9088634
  3. Lurie, I., Lytvynenko, V., Olszewski, S., ...Zhunissova, U., Boskin, I. The use of inductive methods to identify subtypes of glioblastomas in gene clustering. CEUR Workshop Proceedings, 2020, 2631, pp.406-418
  4. Zayets, V.N., Tsuvarev, A.Y., Kolomiiets, L.A., Kornelyuk, A.I. Site-Directed Mutagenesis of Tryptophan Residues in the Structure of the Catalytic Module of Tyrosyl-tRNA Synthetase from Bos taurus. Cytology and Genetics, 2019, 53(3), pp.219-226
  5. Bondarchuk TV, Lozhko DM, Shalak VF, Fatalska A, Szczepanowski RH, Dadlez M, Negrutskii BS, El'skaya AV. The protein-binding N-terminal domain of human translation elongation factor 1Bβ possesses a dynamic α-helical structural organization. / Int J Biol Macromol. 2019 Apr 1;126:899-907. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2018.12.220. Epub 2018 Dec 24
  6. Nataliya A. Dorofeyeva, Georgiy G. Vorobyov, I. Y. Cherepaxa, Alexander I. Kornelyuk, Vadim F. Sagach Endothelial Monocyte-Activating Polypeptide-II Improves Diastolic Heart Function and Vascular Relaxation in Type-I Diabetes Mellitus, International Journal of Physiology and Pathophysiology. January 2018. vol.9,N3,pp. 221-228
  7. Marchenko S.V. Soldatkin O.O., Kolomiets L.A., Kornelyuk O.I. Soldatkin A.P. Cyclodextrins Application in Urease-Based Biosensor for Urea Determination, Sensor Letters, Volume 16, Number 4, April 2018, pp. 298-303
  8. 3. Kotsarenko K, Lylo V, Ruban T, Macewicz L, Lukash L. Effects of Some Growth Factors and Cytokines on the Expression of the Repair Enzyme MGMT and Protein MARP in Human Cells In Vitro : Effect of Some Growth Factors and Cytokines. Biochem Genet. 2018 Mar 27. doi: 10.1007/s10528-018-9854-9
  9. Babichev, S.A., Gozhyj, A., Kornelyuk, A.I., Lytvynenko, V.I. Objective clustering inductive technology of gene expression profiles based on SOTA clustering algorithm. Biopolym. Cell. 2017; 33(5):379-392. http://dx.doi.org/10.7124/bc.000961
  10. Kravchuk VO, Savytskyi OV, Odynets KO, Mykuliak VV, Kornelyuk AI. Computational Modeling and Molecular Dynamics Simulations of Mammalian Cytoplasmic Tyrosyl-tRNA Synthetase and Its Complexes with Substrates. J Biomol Struct Dyn. 2017 , Vol.35, N13, 2772-2788
  11. Dragan AI, Read CM, Crane-Robinson C. Enthalpy-entropy compensation: the role of solvation. Eur Biophys J. 2017 May;46(4):301-308. doi: 10.1007/s00249-016-1182-6. Epub 2016 Oct 28
  12. Karpova I. S. Specific interactions between lectins and red blood cells of Chernobyl cleanup workers as indicator of some late radiation effects // Exp Oncol. – 2016. – V. 38:261-266
  13. Kravchuk VO, Savytskyi OV, Odynets KO, Mykuliak VV, Kornelyuk AI. Computational Modeling and Molecular Dynamics Simulations of Mammalian Cytoplasmic Tyrosyl-tRNA Synthetase and Its Complexes with Substrates. J Biomol Struct Dyn. 2016, 11:1-42
  14. Babichev S. A., Kornelyuk A. I., Lytvynenko V. I., Osypenko V. V.Computational analysis of microarray gene expression profiles of lung cancer Biopolym. Cell. 2016, 32(1):70-79
  15. Vorobyova N, Lozhko D, Zhukov I, Kornelyuk A. Bacterial expression and isotope labeling of AIMP1/p43 codosome protein for structural studies by multidimensional NMR spectroscopy. Biopolymers & Cell. 2015;31(2):109-114
  16. Grom MYu, Yakovenko LF, Granich VM, Dobrohod AS, Torbas OO, Radchenko A, Sirenko YuM, Sidorik LL, Kornelyuk AI. Autoantibodies against tyrosyl-tRNA synthetase and its separated domains at essential hypertension. Biopolymers & Cell. 2015;31(4):255-263
  17. Фефелов АО, Одинец КА, Корнелюк ОІ, Литвиненко ВІ, Горавский СА. КЛОНАЛЬНИЙ АЛГОРИТМ ДЛЯ РОЗВ'ЯЗАННЯ ЗАДАЧ МОЛЕКУЛЯРНОГО ДОКІНГУ. Intellectual Systems for Decision Making and Problems of Computational Intelligence: Conference Proceedings (Zaliznyj Port - 2015).– Kherson: KNTU. 2015;344-347
  18. Mykuliak V, Dragan A, Kornelyuk A. Structural states of flexible catalytic loop of M. tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase in different enzyme-substrate complexes. Eur. Biophys J. Published online. 6 November 2014
  19. Mykuliak V, Kornelyuk A. The mechanisms of substrates interaction with the active site of Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase studied by molecular dynamics simulations. Biopolymers & Cell. 2014;30(2):157-162
  20. K.V. Kotsarenko K, Lylo V, Ruban T,... A.I. Kornelyuk, et al. Influence of IFN-α2b and EMAP II and their medicinal forms on the MGMT gene expression in human cell lines. Biopolymers & Cell. 2014;30(6)
  21. Savytskyi OV, Yesylevskyy SO, Kornelyuk AI. Asymmetric structure and domain binding interfaces of human tyrosyl­tRNA synthetase studied by molecular dynamics simulations. J Mol Recognit. 2013;26(2):113–20. doi:10.1002/jmr.2259
  22. Lozhko D, Stanek J, Kazimierczuk K, et al. (1)H, (13)C, and (15)N chemical shifts assignments for human endothelial monocyte­activating polypeptide EMAP II. Biomol NMR Assign. 013;7(1):25–9. doi:10.1007/s12104-012-9369-y
  23. A method of modeling antitumor effect on prostate adenocarcinoma, Patent of Ukraine, N 70342 from 11.06.2012
  24. Reznikov AG, Chaykovskaya LV, Polyakova LI, Kornelyuk AI, Grygorenko VN. Cooperative antitumor effect of endothelialmonocyte activating polypeptide II and flutamide on human prostate cancer xenografts. Exp Oncol. 2011;33(4):231–4
  25. Yesylevskyy SO, Savytskyi OV, Odynets KA, Kornelyuk AI. Interdomain compactization in human tyrosyltRNA synthetase studied by the hierarchical rotations technique. Biophys Chem. 2011;154(23):90–8. doi:10.1016/j.bpc.2011.01.005
  26. Nanocomposite anticancer drug, Patent of Ukraine N 64374 from 14.11.2011
  27. Salnikov A, Sliusar I, Sudakov O, Savytskyi O, Kornelyuk A. Virtual laboratory MolDynGrid as a part of scientific infrastructure for biomolecular simulations. International Journal of Computing.2010;9(4):295–301
  28. Application of cytokine­like polypeptide EMAP­II as a tool that shows antitumor activity on the growth of carcinoma of the human prostate, Patent of Ukraine N 33215 from 19.02.2008
  29. Kordysh M, Kornelyuk A. Conformational flexibility of cytokine­like C­module of tyrosyl­tRNA synthetase monitored by Trp144 intrinsic fluorescence. J Fluoresc. 2006;16(5):705–11. doi:10.1007/s10895-006-0113-9
  30. Kovalskyy D, Dubyna V, Mark AE, Kornelyuk A. A molecular dynamics study of the structural stability of HIV­1 protease under physiological conditions: the role of Na+ ions in stabilizing the active site. Proteins. 2005;58(2):450–8. doi:10.1002/prot.20304